Gli Isoenzimi della Fosfatasi Alcalina rivestono interesse  in caso di aumento dei valori di fosfatasi alcalina totale (ALP), per valutare la frazione epatica, ossea ed intestinale. Nel morbo di Paget la frazione ossea e’ tipicamente aumentata. Gli isoenzimi ossei ed epatici della ALP sono incrementati in caso di ipertiroidismo e nel corso di patologie reumatiche. Il dosaggio selettivo dell’isoenzima osseo puo’ essere utile nel controllo dell’osteoporosi post-menopausale, nell’osteoporosi secondaria,  nell’iperparatiroidismo, nel morbo di Paget.